Возможно, решение такое (все - сплошное имно, не претендующее на научную теорию) - корабль движется не через параллельное пространство (гиперпространство), а перемещается в "коконе" свернутого пространства ("струны" Головачева, варп-режим). Тогда проблем со временем не возникает. Кстати, о том, что экипаж во время прыжка находится без сознания упоминается и в "Последней войне". Возможно это связано с пресловутой субъектностью.
А начсет 80 дней - можно вспомнить "полуденный цикл" Стругацких. В "Полдне" говорится, что "Тариэль" идет к своей цели полгода, в более поздних произведениях этот срок сжимается до нескольких часов. Возможно наиболее долгим будет цикл разгона-торможения, а не собственно перехода.
Вот так.
Станем! Прорвемся!